농지 보전 부담금: 환급, 추가 납부 Q&A

농지 보전 부담금을 환급 받거나, 다시 납부 하는 경우가 생길때 알면 유용한 민원사례들입니다.

Q. 지적 재조사로 인해 농지전용 면적의 증감이 발생한 경우 농지보전부담금을 추가납부 또는 환급받아야 하는지?

A. 면적이 늘어난 경우 늘어난 면적만큼 농지보전부담금 부과, 감소한 경우 감소한 면적만큼 환급
○ 지적 재조사로 인해 농지의 면적·경계가 변경된 경우「농지법」제34조 및 같은 법 시행령 제32조 제5항에 따라 농지전용 변경허가를 받아야 하며, 전용할 면적이 늘어난 경우 해당 면적만큼 농지보전부담금을 납부하고, 면적이 감소한 경우 해당 면적만큼 환급받을 수 있습니다.

Q. 농지전용 허가받은 1개의 필지를 2개의 필지로 분할하는 경우 농지보전부담금을 다시 납부해야 하는지?

A. 전용된 농지의 면적, 경계, 위치 및 감면요건에 변경사항이 없으면 농지 보전부담금을 다시 납부하지 않음
○ 농지전용 허가받은 1개의 필지를 분할하여 2개의 필지로 변경하는 경우 전용된 농지의 면적, 경계, 위치 및 감면요건에 변경사항이 없으면 농지보전부담금 부과사항도 변경되지 않아 다시 납부하지 않아도 됩니다.
- 다만, 2개의 필지로 분할하고 각각 농지전용허가를 받고자 하는 경우 농지전용 변경 허가를 통해 기존 허가면적을 분할된 필지만큼 축소하고
- 축소된 면적에 해당하는 농지는 신규로 농지전용 허가를 신청하고 그에 따른 농지 보전부담금을 납부해야 합니다.

Q. 공장설립변경허가를 통하여 총 부지면적 중 준보전산지의 면적이 50%를 초과하게 되는 경우 기 납부한 농지보전부담금을 환급받을 수 있는지?

A. 환급 가능
○ 산지의 효율적 이용을 촉진하기 위하여 부지의 총면적 중「산지관리법」제4조 제1항 제2호에 따른 준보전산지의 면적이 100분의 50을 초과하는 아래 각 호에 해당하는 사업의 사업시설은 농지보전부담금이 감면됩니다(「농지법 시행령」 별표 2 제3호 정목 및 같은 법 시행규칙 제47조)

• 1.「택지개발촉진법」에 따른 택지개발사업
• 2.「주택법」에 따른 주택건설사업 및 대지조성사업
• 3.「도시개발법」제3조에 따라 지정된 도시개발구역(「도시개발법 시행령」제2조 제1항 제1호가 목 및 나목에 해당하는 것에 한정한다)에서 시행하는 도시개발사업 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 여객자동차터미널·화물터미널 설치사업
• 4.「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 공장의 설립을 위한 공장용지 조성사업
• 5.「중소기업진흥에 관한 법률」 제31조에 따른 단지조성사업
• 6.「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따른 자유무역지역조성사업
• 7.「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따른 물류터미널사업 및 물류단지개발 사업
• 8.「여객자동차 운수사업법」에 따른 여객자동차터미널사업
  ※「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」제21조의 2에 따른 도시공원조성 사업의 택지 조성지 등 주된 사업이 위 각 호에 따른 사업이 아닐 경우 감면 불가

○ 따라서「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 공장의 설립을 위한 공장 용지조성 사업은 농지전용변경허가(협의) 등을 통해 그 부지의 총면적 중 준보전산지의 면적이 100분의 50을 초과하게 되는 경우 농지보전부담금 전액 감면대상으로 기 납부한 농지보전부담금의 환급이 가능합니다.

Q. 창업공장으로 농지보전부담금을 감면받은 시설을 임대하였을 경우 농지보전부담금을 다시 납부해야 하는지?

A. 공장 설립 후 5년 이내에 임대한 경우 제조업에서 임대업으로 용도변경 하는 것으로 보아 농지보전부담금을 납부해야 함
○ 농지전용 목적에 사용되고 있거나 사용된 토지를 5년 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우 용도변경의 승인을 받아야 하며 농지보전부담금이 감면되는 시설에서 감면되지 아니하거나 감면비율이 낮은 시설로 변경하는 경우 그에 해당하는 농지 보전부담금을 납부해야 합니다(「농지법」제40조, 같은 법 시행령 제59조 및 같은 법 시행규칙 제52조).
○ 창업기업이 설치하는 공장은「중소기업창업 지원법」에 따라 제조업을 영위하기 위해 공장 설립계획의 승인을 받거나, 중소기업을 창업하는 경우에 한하여 농지 보전부담금을 감면하므로(「농지법 시행령」 별표 2 제3호 구목 11))

• 농지전용 목적사업 완료 후 5년 이내에 공장을 임대 하려는 경우 제조업이 아닌 임대업을 영위하는 것으로 보아 용도변경 승인의 대상이 되며 그에 따른 농지보전 부담금을 납부하게 됩니다.
• 특히, 용도변경 승 인을 받지 않고 공장을 임대하여 적발된 경우 감면받은 농지 보전부담금에 가산금 및 중가산금이 함께 부과되므로 공장의 용도를 변경하려는 경우 반드시 사전에 허가를 받아야 합니다.

Q. 농지보전부담금을 감면받은 시설을 농지전용 후 매매할 경우 농지보전부담금을 다시 납부해야 하는지? ·

A. 농지전용 목적사업 완료 후 5년 이내에 매매하여 농지보전부담금 감면요건이 변경되는 경우 그에 따른 부담금을 납부해야 함
○ 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 다른 목적으로 사용하려는 경우 관할 시·군·구에 용도변경을 신청하여 승인을 받아야 합니다(「농지법」제40조, 같은 법 시행령 제59조 및 같은 법 시행규칙 제52조).

• 매매로 인해 ① 해당 시설의 용도가 변경되거나, ② 업종이 변경되거나, ③ 농지보전 부담금 감면율이 다른 경우에 해당되면 용도변경 승인을 받아야 하며(①, ②, ③ 중 하나라도 해당되면 적용)
• 농지보전부담금이 감면되지 않거나 감면비율이 낮은 시설로 변경하는 경우 그에 따른 농지보전부담금을 납부하여야 합니다.
• 이때 매도자는 용도변경 승인을 받고 그에 따른 농지보전부담금을 납부한 후에 매도해야 하지만 이미 매매가 이루어진 경우라면 소유권이 변경되었으므로 매수인이 용도변경 승인을 받고 그에 따른 농지보전부담금을 납부해야 합니다.

○ 또한, 용도변경 승인을 받아야 하는 의무기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부 한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산 하여 5년으로 설정되어 있으므로, 전용목적 완료 후 5년 이내에 매매하려는 경우 위 사항에 유의하여 매매해야 합니다.(「농지법」 제40조 제1항, 같은 법 시행령 제59조 제1항)
- 다만, 5년의 기간은 전용목적에 맞게 사용한 기간만 포함되며, 해당 지자체의 승인 없이 위법하게 용도변경해서 사용한 기간은 포함되지 않습니다.

Q. 농지보전부담금을 납부한 후 사업을 포기할 경우 환급절차는?

A. 관할청에서 환급 결정·통지 후 한국농어촌공사를 통해 환급

○ 납입의무자가 농지보전부담금으로 납입한 금액 중 아래의 경우에는 농지보전부담 금을 환급하도록 하고 있습니다.(「농지법」제38조 제4항 및 같은 법 시행령 제51조 제1항)

• 과오납입한 금액이 있는 경우
• 목적사업이 완료되기 전에 허가가 취소된 경우
• 사업계획의 변경 기타 이에 준하는 사유로 인하여 전용하고자 하는 면적이 당초 보다 감소한 경우

○ 이 경우 관할청은 납입의무자가 납입한 금액 중 환급하여야 할 금액을 환급금으로 결정하고, 한국농어촌공사와 농지보전부담금 납인자에게 각각 통지하도록 하고 있습니다.

○ 농지보전부담금 환급결정 통지서를 받은 농지보전부담금 납입자는「농지법 시행 규칙」별지 제49호 서식의 ‘농지보전부담금환급금 및 환급가산금청구서’에 농지보전 부담금환급금 및 환금가산금 결정통지서, 주민등록등본, 통장사본을 첨부하여 한국 농어촌공사에 제출하면 됩니다.

Q. 주 인허가가 취소된 경우 농지보전부담금 환급 여부와 환급 기준일은?

A. 주인허가 취소일을 기준으로 농지보전부담금 환급

○ 통상 의제되는 인허가는 주된 인허가의 사업수행을 위해 필요한 보조적·보충적인 허가로서의 성격을 가지고 있으므로 주된 인허가가 취소되는 등 그 효력을 상실하게 되면 의제된 인허가 또한 당연히 그 효력을 상실하게 된다고 보아야 합니다.(법제처 법령해석례 18-0222)
○ 따라서 주 인허가가 취소된 경우 협의 의제된 농지전용허가도 취소되므로「농지법 시행령」제51조 제2항 제2호에 따라 주 인허가의 취소일을 기준으로 기 납부된 농지보전부담금이 환급되어야 합니다.

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★ 농지와 관련된 법령·제도·절차 등 행정업무에 대한 궁금증이 있다면, 국민신문고에서 처리기관을 '농림축산식품부'로 지정하여 온라인으로 질문하시면, 담당부서에서 답변해드립니다.

• 법령에관하여 설명이나 해석을 요구하는 질의민원: 14일 이내 처리
• 제도·절차 등 법령외에 사항에 관하여 설명이나 해석을 요구하는 질의민원: 7일 이내처리

♣ 출처: 2023년 농지 민원 사례집 _농림축산식품부 농지과